Búsqueda de Epítopos de Chikungunya para Inmunodiagnóstico

Resumen

El presente estudio fue realizado durante un año y medio, con el objetivo de la obtención
de péptidos a partir de las proteínas estructurales y no estructurales de Chikungunya
(CHIKv), que funcionarán como epítopos para células B, para el futuro desarrollo de un
método de diagnóstico serológico especifico de CHIKv. Mediante el uso de 1,320
secuencias publicadas en NCBI de las proteínas de CHIKv, se construyeron secuencias
consenso de cada proteína estructural y no estructural del virus. Con la finalidad de
detectar similitudes y futuras reacciones cruzadas entre las proteínas de los virus CHIKv,
DENv y ZIKv se realizaron alineamientos con las secuencias consenso de las proteínas
de los virus. A partir de los alineamientos anteriores, fueron seleccionados aquellos
péptidos que no presentaron similitud con alguna proteína de los flavivirus (DENv o ZIKv)
para posteriormente determinar su actividad antigénica mediante el servidor EMBOSS
antigenic, Bepirpred y Bcell Epitope. Se obtuvieron un total de 13 péptidos de CHIKv que
no se encuentran en las proteínas de los flavivirus DENv y ZIKv, se seleccionaron aquellos
que se detectaron por dos o más programas bioinformáticos (Clustal W, T-Coffe o
MUSCLE). A partir de las regiones antigénicas de las proteínas de CHIKv determinadas
con EMBOSS antigenic, Bepipred y Bcell Epitope se buscaron los péptidos específicos
seleccionados, obteniendo un total de 13 epítopos que coincidían con estas regiones
antigénicas de los cuales 6 fueron de las proteínas estructurales, 3 para E1 y 3 para E2.
Los 7 restantes fueron de las proteínas no estructurales del virus. Con base a los
resultados obtenidos, los péptidos obtenidos a partir de las proteínas E2 y E1 son los
candidatos más fuertes para ser utilizados en el futuro desarrollo de un método de
diagnóstico serológico especifico de CHIKv ya que no presentan secuencias cruzadas
con las proteínas de DENv ni ZIKv.